As políticas de ação afirmativa, em especial, a reserva de vagas para estudantes de graduação em universidades públicas brasileiras, marcaram os anos 2000. Após a realização da Conferência da ONU contra o racismo e outras formas correlatas de discriminação, que ocorreu em 2001, na África do Sul, ocorreram debates e surgiram experiências inovadoras voltadas, especificamente, para o combate às desigualdades raciais no ensino superior. O Programa A Cor da Bahia participou desse processo levando adiante as pesquisas sobre a distribuição dos estudantes entre os diferentes cursos de graduação, segundo a cor, recorrendo à comparação entre universidades públicas situadas em diferentes regiões do país, cujos resultados foram publicados na coletânea O Negro na Universidade (2000), organizada por Delcele Mascarenhas Queiroz (UNEB). Além disso, tiveram continuidade as ações voltadas para a formação no campo de estudos das relações raciais, como o curso Educação, racismo e diferenças no Brasil, que ocorreu de 12/05 a 17/06 de 2000, com convidados/as nacionais e aberto ao público em geral; e o Projeto Tutoria, um dos 27 projetos selecionados nacionalmente visando apoiar a permanência na universidade de estudantes negros e de baixa renda familiar, coordenado pelo Programa Políticas da Cor (Laboratório de Políticas Públicas -UERJ), com recursos da Fundação Ford, com vigência de 2002 a 2003. Na segunda metade dos anos 2000, depois da criação das políticas de ação afirmativa na UFBA, que ocorreu em 2005, as ações de formação tiveram como foco os estudantes beneficiados pelo sistema de reserva de vagas, como no caso do Programa Brasil Afroatitude,uma iniciativa da Coordenação de DST/AIDS do Ministério da Saúde, SEPPIR e Ministério da Educação visando reforçar os programas de ação afirmativa das universidades públicas brasileiras. O Afroatitude ofereceu bolsas de ajuda de custo e formação acadêmica para estudantes negros e de baixa renda familiar da UFBa, no período de 2005 a 2006.
Nessa década houve o fortalecimento das redes transnacionais que começaram a ser construídas na década anterior através das ações do Projeto Raça, desenvolvimento e desigualdade, que foi parte do consórcio Capes/Fipse que visava apoiar a mobilidade estudantil através de parcerias entre universidades brasileiras e dos Estados Unidos (2002-2006). Como parte das atividades do Projeto, estudantes da UFBa realizaram um semestre de estudos na Howard University e na Vanderbilt University, nos Estados Unidos, assim como estudantes destas universidades realizaram estudos na USP e na UFBA. O projeto previu também a realização de missões de trabalho, nos Estados Unidos e no Brasil. Esta parceria se desdobrou em outro projeto no âmbito do Consórcio CAPES/FIPSE, Equidade no Ensino Superior no Brasil e EUA, envolvendo as mesmas universidades parceiras, no período de 2008 a 2012. Ambos os projetos geraram publicações em formato de artigos e de coletâneas com artigos redigidos por docentes e estudantes.
